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Flore intestinale, cultiver son microbiote (1/3)

Les études récentes sur la flore intestinale convergent pour en souligner le rôle fondamental. La bonne nouvelle, c’est que ce « microbiote » a besoin d’une alimentation très végétale ! En parallèle, la phyto-aromathérapie pourra soigner les déséquilibres et leurs symptômes. Une nouvelle médecine s’ouvre à nous, dans laquelle les microbes deviennent nos alliés contre les maladies.

microbiote

L'importance du microbiote

Une véritable révolution médicale est en cours ! Depuis une vingtaine d’années, les chercheurs ont pris conscience de l’importance capitale de la flore intestinale pour notre santé, et pas seulement au niveau de la digestion. On l’appelle désormais « microbiote » et on le considère comme un organe à part entière. Constitué non pas de cellules humaines, mais de milliards de bactéries, de champignons et autres microorganismes qui communiquent entre eux, il pèse tout de même environ deux kilos chez l’adulte. Au cours de ces dernières années, des chercheurs français ont décodé leurs gènes dans le cadre du projet MetaGenoPolis de l’INRA : en montrant que nous abritons plusieurs millions de gènes microbiens, contre environ 23 000 pour notre génome humain, ils n’ont pas laissé la communauté médicale et scientifique indifférente… et sont tombés sous Le charme discret de l’intestin (!), pour reprendre le titre d’un best-seller consacré au système digestif. Nous sommes véritablement sortis de l’ère pasteurienne, qui nous a longtemps fait considérer les bactéries et autres microbes comme des ennemis à abattre.

Les recherches récentes s’appliquent à étudier les fonctions du microbiote et notamment à revisiter son rôle clé : c’est grâce à lui que nos cellules intestinales sont capables d’assimiler certains nutriments. On a vu se confirmer son implication dans la synthèse de vitamines telles que la vitamine K (importante pour la coagulation) et la vitamine B12 (essentielle au renouvellement cellulaire et à la fabrication des globules rouges). La présence de bonnes bactéries implantées d’un bout à l’autre du tube digestif permet de le protéger contre la colonisation par des microbes nocifs : c’est l’« effet barrière ». Le microbiote sait aussi dégrader certaines toxines et il assure l’équilibre de notre système immunitaire, dont 80 % des cellules sont logées dans notre intestin. Malheureusement, cette symbiose entre l’homme et ses bactéries est mise à mal par de nombreux éléments propres à la vie moderne : usage excessif d’antibiotiques et de produits antibactériens, alimentation industrielle, pollution, stress… En cas de perturbation passagère, le microbiote fait preuve d’une certaine résilience, revenant à sa composition initiale. Un traitement antibiotique de courte durée est ainsi suivi, sur une période d’un à deux mois, d’un retour à la normale. Mais si le stress est fort ou chronique, le microbiote perd plus durablement son équilibre, phénomène...

aujourd’hui connu sous le terme de « dysbiose ». Or, cet état peut être à l’origine de nombreuses pathologies : intestin irritable, maladies inflammatoires de l’intestin (rectocolite hémorragique, maladie de Crohn), cancers digestifs, obésité, diabète, allergies, troubles psychiatriques (schizophrénie, troubles obsessionnels compulsifs, trouble du déficit de l’attention avec hyperactivité, anorexie), etc. On constate en particulier que la muqueuse intestinale perd son étanchéité (hyper-perméabilité intestinale), et laisse alors passer des éléments indésirables dans la circulation sanguine.

« Je m’intéresse systématiquement et en premier lieu à l’intestin », confie le Dr Michel Lallement, ancien chirurgien reconverti dans la prise en charge globale du terrain des maladies chroniques et dégénératives. Pas moins des trois quarts de ses patients présentent des désordres digestifs ou des signes d’hyper-perméabilité intestinale. Tout comme le Dr Lallement, de nombreux thérapeutes s’intéressent à l’état du microbiote dès qu’ils sont en présence de pathologies chroniques. « De plus en plus de professionnels de santé, médecins et nutritionnistes, se forment à la connaissance du microbiote et de ses liens avec les maladies », confirme le Dr Didier Chos, président de l’Institut européen de diététique et micronutrition. Selon ce médecin, la prise en charge du microbiote va devenir une évidence dans le traitement de l’obésité. Nous en sommes aux prémices d’une nouvelle médecine : une approche individualisée qui tiendrait compte du type de microbiote de chacun.

Notre connaissance du microbiote n’en est qu’à ses débuts. Ce qui est clair, toutefois, c’est que cette vaste communauté bactérienne participe aux grandes fonctions vitales, de la digestion au système immunitaire en passant par nos humeurs… Autre certitude : pour que notre microbiote devienne un allié, il est indispensable de bien comprendre le rôle de notre alimentation et d’accepter que les troubles fonctionnels intestinaux demandent aussi une investigation très personnelle.
Isabelle Saget, rédactrice en chef

De l’efficacité des médicinales

Dans l’intestin, la majorité des substances contenues dans les plantes deviennent actives en étant métabolisées par les bactéries de notre flore intestinale. L’exemple le plus connu est celui des isoflavones de soja, converties en génistéine et en daidzéine par notre microbiote. C’est ainsi que l’efficacité de ces phytohormones, prescrites aux femmes en cas de bouffées de chaleur ou encore de sécheresse vaginale, dépend du bon équilibre de leur flore intestinale. « On découvre le même phénomène pour les tanins ellagiques de la grenade que les bactéries intestinales transforment en une centaine de métabolites », commente Loïc Bureau, docteur en pharmacochimie des substances naturelles. Selon ce spécialiste, le microbiote serait la clé pour comprendre, par exemple, pourquoi la canneberge est plus efficace in vitro qu’in vivo, ou encore pourquoi la passiflore donne de meilleurs résultats en tisane qu’en poudre.

À savoir
Si vous souffrez de colite, de diarrhée ou que vous avez récemment pris des antibiotiques, attendez-vous à ce que l’absorption des principes actifs des plantes médicinales ne soit pas optimale. 

Le bourgeon de noyer, régénérant de la flore intestinale

Le noyer est un remède majeur en phytothérapie, considéré comme le bourgeon de la flore intestinale. Dans la nature, l’arbre manifeste une capacité à inhiber le développement de la flore potentiellement concurrente autour de sa rhizosphère, de manière à rester le seul maître des lieux de son implantation. Il serait donc bénéfique à l’écologie de la sphère intestinale, favorisant l’implantation des bonnes bactéries plutôt que des pathogènes.

Conseil
Après une infection ou un traitement antibiotique, on pourra faire une cure de macérat de bourgeons. On peut aussi effectuer une cure chaque année pour entretenir son microbiote. Dans les deux cas, prendre 5 gouttes de macérat-mère de noyer matin et soir pendant 21 jours. 

Se soigner en fonction de son type de microbiote

Le Dr Bruno Donatini, gastro-entérologue, a développé une méthode originale pour déterminer à quel type appartient le microbiote de ses patients. On distingue en effet trois grands « entérotypes » : le premier est dominé par les bactéries du genre Bacteroides, il correspond au régime occidental, riche en viande ; le deuxième, qui contient peu de Bacteroides mais beaucoup de Prevotella, est lié aux régimes végétariens ; le troisième a un haut niveau de Ruminococcus. À l’aide d’un test respiratoire, le Dr Donatini mesure dans l’air expiré certains gaz qui témoignent du type de bactéries qui vivent dans l’intestin et d’un certain type de problèmes rencontrés par le patient. Combinée à la description des symptômes, cette typologie permet une médecine individualisée. « Il est important de réaliser un diagnostic précis pour ne pas faire d’erreurs thérapeutiques et rompre la diplomatie permanente que nous entretenons avec notre flore », explique le Dr Donatini. « Si nous changeons brutalement, c’est la guerre. » Ce médecin, qui soigne depuis plusieurs années des personnes souffrant de la maladie de Crohn ou de syndrome métabolique, forme à sa méthode des thérapeutes au sein du Collège européen de médecine intégrative (www.ecim.pro).

Les conseils du Dr Donatini
Le test peut par exemple révéler que les intestins d’un patient absorbent mal les nutriments. Ce n’est pas rare chez les personnes de type Prevotella : « Je préconise de prendre de la citrulline, de la glutamine et des huiles végétales riches en oméga-3 pour restaurer la muqueuse intestinale, et il leur faudra éviter de prendre des huiles essentielles par voie orale. » 

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